En primer lugar, si no disponemos de los paquetes necesarios, ejecutaremos:
sudo apt-get install ffmpeg libavcodec-extra-52
El comando para la conversión es muy sencillo. En este caso convertimos un archivo WAV a MP3, con un bitrate de 128 Kbps y una frecuencia de sampleo de 44100 Hz:
ffmpeg -i archivo.wav -f mp3 -ab 131072 -ar 44100 archivo.mp3
Yo usaba lame. Es más sencillo